《搭檔任務 秘密搜查組》最大的特色是，
2 人「搭檔」組成一組來進行搜查和潛入。
從小隊「BOND」的 4 人中選擇 2 人，
一邊多次更換搭檔，
一邊解開阻礙前進的問題。
在御神樂島上有很多個性豐富的人，
不一定每一個人都會對你打開心房。
在搜查中，活用 BOND 成員的特徵，
選擇合適的成員進行偵查將會是得到資訊的關鍵。
然後，根據獲得的資訊，
潛入敵人基地時的潛入路徑也會因此而改變。
哪一個角色適合搜查或潛入？
選擇最合適的搭檔是非常重要的。